Kepala Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kota Madiun bertindak sebagai Atasan PPID Pembantu dimana beliau bertanggung jawab dan mengawasi kinerja PPID Pembantu Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kota Madiun.
Sementara Ketua PPID Pembantu dijabat oleh Sekretaris Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kota Madiun dan sekretaris PPID Pembantu dijabat oleh Kepala Bidang Formasi, Pengembangan dan Administrasi Kepegawian Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kota Madiun.
PPID Pembantu Badan Kepegawaian dan Pengembangan Sumber Daya Manusia Kota Madiun terdapat 3 (tiga) bidang yaitu Bidang Pelayanan Informasi dan Dokumentasi, Bidang Pengolah Data dan Klasifikasi Informasi dan Bidang Penyelesaian Sengketa Informasi.
